修理代金が高い原因：部品代
修理代金の見積もりの内訳をざっくり分類すると部品代と工賃に分けることが出来ます。
まず部品代金ですが、これはディーラーも専門店も基本同じ代金になることが多いです。
なぜなら部品の購入元が同じ（BMW JAPAN）から購入するので仕入れ値が同じになります。
しかし、輸入車の部品に関しては正規輸入品と並行輸入品の2つが存在します。
当然ディーラーは正規輸入品の部品を使用しますが、専門店の一部では積極的に並行輸入品の部品を使う場合もあり、この場合は部品代がお安くなる場合もあります。
並行輸入品の場合は輸入経路が正規輸入品と違うだけで商品自体は同じものなので、品質には問題はありません。
単純に輸入ルートの違いだけですので、部品の供給という面では不安定になることがあると思う程度の問題です。
また、輸入車の部品には非純正の純正同等品（適合品）というものも存在し、これはBMWのマークは付いていないけど、純正品と同じ様に作ってあるから使えるよ、という商品です。
物によっては作っている工場は同じですがBMWのマークが付く、付かないの違いのものもありますし、全く別の会社が作っている場合もあります。
このように輸入車の部品は正規輸入品、並行輸入品、純正同等品の3つがありますので、専門店の修理の場合は、並行輸入品や純正同等品を使うことで部品代を安くすることが出来ます。
その代わり純正同等品の場合は品質面で不安があることも事実なので、安かろう悪かろう的な事が起こる可能性があります。
修理代金が高い原因：工賃
BMWのディーラーでは工賃は時間辺りいくらというのが決まっています。
ただし、単価の価格は一定の幅があり、その幅の中でディーラーが時間単価を設定しています。
オプションカタログに記載がある取り付け時間にそのディーラーが設定している時間単価をかけ合わせた金額がそのパーツを取り付けるのに必要な工賃ということになります。
この時間単価の設定がディーラーの方が高く専門店の方が低いのが一般的だと思います。
なのでディーラーの方が工賃自体も高くなる傾向がありますが、専門店との差額は信頼料という感じになるのだと私は理解しています。
もちろん、専門店も信頼できるお店は多いですが、ディーラーの場合はBMWに特化した教育を受けているメカニックが作業する訳ですから、品質の程度も一定水準以上に設定されているというのが建前です。
専門店の方はぶっちゃけその店の評判しか判断する基準が無いのですから、全国一律に一定水準のサービスレベルを整備する必要があるディーラーの方がコストがかかってくるのは仕方がない所だと思います。
なかなか目に見えない部分だと思いますので、ディーラーではコンテストなどを行いその店のサービスレベルの高さを見える化しているのもそういう理由だと思います。
つまり、ディーラーの工賃が高いのは全国どのディーラーでも一定水準のサービスレベルが得られる＝安心＝値段が高いとなり、専門店のようにサービスレベルが分からない＝価格が安いでバランスを取っている、ということになります。
結局修理はディーラーと専門店のどっちが良いのか？
結論から言えば、サービスレベルが高い専門店を知っているのであれば専門店で良いと思います。
私は長年お付き合いのあるサービスレベルの高い専門店を知っているので場合のよっては専門に依頼する場合が多いです。
ただし、保証期間中の車であれば保証対象になる修理が多く発生するのでその期間中はディーラーへ依頼することになります。
結局ディーラーが修理代金が高いというよりは、ディーラーの価格が適正で専門店の価格の方が割安というのが正しい見解であり、安い分トラブルなどがあった場合は適正な対応がしてもらえない場合もあることを理解して使い分けるのがコツだと思います。
